L'habitat più rappresentato è quello della prateria africana o savana, punteggiata dalle tipiche acacie nella zona sudorientale. La maggior parte della fauna è concentrata sul bordo occidentale, dove la pianura paludosa è ricca d'acqua e meno frequentata dai turisti, che si concentrano nella zona orientale, a circa 224 chilometri da Nairobi.

L'icona più nota del Masai Mara è probabilmente l'immagine del leone, di cui si trovano grandi branchi; nel parco sono comunque presenti tutti i cosiddetti Big Five, sebbene la popolazione di rinoceronti sia in serio pericolo. Gli ippopotami sono numerosi nel fiume Mara e nel fiume Talek. I ghepardi sono anch'essi presenti, ma considerati in pericolo, forse anche a causa del disturbo che i turisti causano alla loro attività di caccia diurna.

Come nel Parco del Serengeti, gli gnu sono i principali abitanti (milioni di esemplari). Essi migrano dal Serengeti al Masai Mara in autunno e viceversa in primavera. Numerose sono anche altre specie di antilopi, in particolare la gazzella di Thomson e la gazzella di Grant, gli impala, e altre. Grandi branchi di zebre si trovano ovunque nella riserva. Nella pianura abitano anche giraffe (sia giraffe Masai che giraffe comuni). L'avifauna è numerosissima.

La riserva, istituita nel 1961, non è protetta come parco nazionale ma come riserva faunistica (game reserve); di conseguenza non viene amministrata dal Kenya Wildlife Service (l'istituzione governativa di protezione dell'ambiente) ma dalle autorità distrettuali locali. I biglietti d'ingresso al Masai Mara (come agli altri parchi nazionali) costituiscono un'importante fonte di reddito per il Kenya. All'interno del parco non mancano strutture ricettive, dai confortevoli lodge ai campi tendati.